Tiene como objetivo investigar los delitos en que se encuentran involucradas personas Indígenas (víctimas o probables responsables) que visitan o radican en la Ciudad de México, a efecto de garantizar sus derechos fundamentales, tales como ser asistidos por interpretes y defensores que tengan conocimientos de su lengua, contar con dictámentes socio-culturales relacionados con sus usos y costumbres, entre otros.

El personal Ministerial que conforma esta agencia, esta preparada para la debida integración de averiguaciones previas en reconocimiento de las diferentes etnias que convergen en la Ciudad de México.